Tujuan utama dari pemisahan kelas adalah untuk menghindari hubungan khusus antara santri putra dan putri, yang mungkin lebih dikenal dengan istilah "pacaran". dimana di pondok pesantren mana pun, pacaran antara santri putra maupun putri merupakan tindakan melanggar peraturan pesantren yang hukuman terberatnya bisa dikeluarkan dari pondok. ini lah alasan utama. Namun, selain itu ada alasan lain yang mengikutinya. diantaranya adalah santri putra atau putri lebih aktif di kelas. hal ini berangkat dari sifat malu-malu yang muncul jika kelas mereka disatukan. Ketika kelas telah dipisahkan, mereka lebih berani bertanya atau mengeluarkan pendapat kepada guru di kelas. Bahkan tentunya, pembahasan tentang materi khusus pelajaran seperti Fiqh akan menjadi lebih mudah dan detail.